La chiesa di Santa Reparata, con l’adiacente Battistero dedicato a San Giovanni, venne edificata nel IV secolo come Cattedrale della città di Lucca. La facciata dell’attuale edificio – realizzata in forme tardo rinascimentali per iniziativa del priore Cesare Turrettini all’inizio del Seicento (iscrizione del 1622)- conserva l’originario portale romanico (seconda metà del XII secolo).
All’interno, diviso in tre navate da colonne, rivela l’impiego di materiale romano di spoglio – come le colonne scanalate e il primo capitello a sinistra ornato con foglie di acanto, mentre il soffitto ligneo a cassettoni risale al priorato del Turrettini (1598-1622). Il Battistero e la chiesa dei Santi Giovanni e Reparata si qualificano soprattutto per la presenza di una vasta area archeologica aperta al pubblico nella primavera del 1992 dopo un’importante campagna di scavo, iniziata nel 1969, che ha portato alla luce il primitivo impianto della basilica paleocristiana del IV-V secolo e dell’adiacente battistero coevo. Per quanto riguarda la zona sottostante la basilica romanica gli scavi hanno reso visibili resti della prima Cattedrale di Lucca dedicata a Santa Reparata, che presenta la stessa pianta e le medesime dimensioni della chiesa superiore (quota m 2,20 sotto il livello stradale) e che era rivestita da una pavimentazione a mosaico di cui restano frammenti.
Nella zona del Battistero, invece, gli scavi hanno recuperato cinque diversi livelli di stratificazione che corrispondono a dodici secoli di storia della nostra città. Qui i resti più grave; antichi consistono nel frammento di pavimentazione in opus signinum a cocciopesto appartenente a una domus romana del I secolo a. C.. Nella stessa zona sono visibili tracce di probabili terme (secondo livello: I-II sec.), del Battistero paleocristiano (terzo livello: IV-V secolo) a pianta quadriconca. Il secondo Battistero venne costruito in epoca altomedievale (quarto livello) in forma quadrata. Nel XII secolo, sfruttando le fondazioni della basilica paleocristiana del IV-V secolo e del battistero del IX secolo, vennero eretti la chiesa e il battistero superiori (quinto livello). Di quest’ultimo rimangono il fonte quadrato per immersione rivestito di piastrelle di marmo in vari colori e tre lacerti di pavimentazione. La cupola ottagonale su base quadrata, che potrebbe avere ispirato il Brunelleschi per la tecnica costruttiva di grande innovazione, risale al 1393.

La chiesa del XII secolo avrà le stesse dimensioni della basilica paleocristiana. Dal vano aperto nel piano di calpestio della zona absidale è possibile vedere l’originaria abside del IV-V secolo e una cripta carolingia (VIII-IX secolo) che ospitava le reliquie di San Pantaleone da Nicomedia conservate in un’urna romana (II secolo d. C), attualmente collocata sotto l’altare moderno. Nei sotterranei della chiesa, interamente percorribili, tra le molte testimonianze delle cinque stratificazioni archeologiche si conserva un graffito che rappresenta l’episodio della traslazione delle reliquie di Santa Reparata dalla Palestina a Benevento. Iniziando la lettura del graffito da sinistra si riconosce una figura maschile identificabile con Pandulfus, principe di Benevento (tra X e XI secolo), che, ottenuta una grazia da Santa Reparata, fece trasportare le reliquie della martire, decapitata sotto Decio, dalla Palestina a Benevento. Al centro vediamo la testa sorretta da angeli in volo che portano in salvo le spoglie della santa abbandonate sulla spiaggia in balia dei venti e delle onde (il pesce e i vegetali indicano l’ambiente marino). Il cavallo o fiera rampante verso gli angeli simboleggia il male: i carnefici che hanno ucciso Reparata o le difficoltà del viaggio.

Nel XII secolo, quando viene intrapresa la costruzione della chiesa superiore, la parete graffita assume il compito di separare due aree diverse per funzione: la zona prossima al presbiterio continua ad essere utilizzata per il normale svolgimento delle cerimonie religiose, mentre al centro dello spazio originariamente occupato dall’aula della basilica viene creato un cantiere di lavoro, come testimoniano i resti di quattro fornaci circolari destinate sia alla preparazione di calce e mattoni che alla fusione del bronzo per la realizzazione delle campane. Le fornaci saranno interrate insieme al resto della basilica al momento della costruzione del pavimento della chiesa superiore del XII secolo.